针对台湾渔船遭日本登船扣押一事，海洋委员会主委管碧玲星期三（5月28日）重申台湾拥有钓鱼台主权。但她表示，因台日间有协议，“执法归执法，主权归主权”，即按照协议中对暂定执法线内外发生事件的标准作业程序处理，强调政府有给予受影响渔民和家属协助。
台湾苏澳籍“红彩头6号”渔船5月20日在日本冲绳与那国岛西南15.6海里运行，遭日本公务船登船检查扣押，并拆除渔船的无线电与船舶监控系统（VSM）等器材后带往日本港口。该船家属被迫筹措63万新台币（约2.7万新元）担保金，人船才获释。
台湾农业部渔业署5月21日表示，事发当时，“红彩头6号”渔船位于北纬24度16.67分、东经122度43.25分（即暂定执法线东经122度30分之外），遭日本公务船登检带回调查，经渔业署与外交部向日方交涉后已平安获释，并返回渔船。
中国外交部发言人毛宁5月23日在例行记者会答复提问时称，中国政府高度重视维护包括台湾地区在内的中国渔民合法权益。根据《中日渔业协定》，日方无权在有关水域对中方渔船采取执法措施。
毛宁说，针对此次日方抓扣“红彩头6号”渔船，中方已向日方提出严正交涉，要求对方立即纠正错误做法，并采取有效措施防止类似事件再次发生。
台湾外交部则强调，台日沟通无碍，一切均依照双方机制解决，中国大陆无权干涉台日交涉事务。
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管碧玲星期三在立法院接受媒体访时说，台湾政府一定会宣示对钓鱼台的主权。但因台日间有协议，故“执法归执法，主权归主权”，这次事件完全照台日协议中暂定执法线内外发生事件的标准作业程序，并在过程中给予协助。
长期关心渔民权益的钓鱼台教育协会向《联合早报》表示，日本公务船人员一登上“红彩头6号”渔船，就粗暴地拔除定位系统，让渔民无法对外求援，在茫茫大海中陷入恐慌。“既然政府声称拥有钓鱼台主权，就应有实质作为，而非只想赔钱了事”。
钓教协常务理事、苏澳渔会前总干事林月英指出，台湾政府所画的暂定执法线，日本根本不承认，只是台湾政府与渔民间的默契，亦即在暂定执法线外，台湾政府就坐视不管，顶多协调渔民拿钱了事。
林月英曾多次随渔业署赴日本参与台日渔业沟通，深深感受到“日本不把台湾当成一个国家，没有主权，总感觉矮人一等”。
她说，渔民只想要一个安全的捕鱼环境，“渔民反映大陆船出现时，日本船不敢追赶，反而比较安心”。
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